排名 医院 专科声誉 科研学术 总得分
1 北京协和医院 80.00 4.73 84.73
2 四川大学华西医院 51.45 20.00 71.45
3 中国人民解放军总医院 51.14 8.19 59.33
4 上海交通大学医学院附属瑞金医院 34.82 10.25 45.07
5 第四军医大学西京医院 30.43 14.61 45.04
6 复旦大学附属华山医院 37.02 6.06 43.08
7 北京大学第一医院 33.25 6.30 39.55
8 复旦大学附属中山医院 32.63 5.02 37.65
9 中山大学附属第一医院 25.10 6.23 31.33
10 北京大学人民医院 23.22 3.85 27.07
11 华中科技大学同济医学院附属同济医院 16.63 5.46 22.09
12 中国医学科学院阜外心血管病医院 13.18 7.92 21.10
13 第二军医大学长海医院 12.86 7.57 20.43
14 北京大学第三医院 15.37 4.30 19.67
15 上海交通大学医学院附属仁济医院 12.86 4.84 17.70
16 浙江大学医学院附属第一医院 5.96 10.13 16.09
17 上海交通大学医学院附属第九人民医院 10.67 4.69 15.36
18 南方医院 12.24 2.82 15.06
19 复旦大学附属肿瘤医院 10.35 4.17 14.52
20 上海交通大学医学院附属第六人民医院 7.84 6.00 13.84
21 首都医科大学附属北京同仁医院 10.35 3.28 13.63
22 第三军医大学西南医院 8.78 4.64 13.42
23 广东省人民医院 12.55 0.85 13.40
24 华中科技大学同济医学院附属协和医院 8.78 4.56 13.34
25 南京军区南京总医院 7.84 4.46 12.30
26 首都医科大学附属北京天坛医院 10.35 1.87 12.22
27 首都医科大学附属北京儿童医院 11.29 0.92 12.21
27 中国医科大学附属第一医院 8.16 4.05 12.21
29 复旦大学附属眼耳鼻喉科医院 10.67 1.33 12.00
30 第二军医大学长征医院 6.59 5.38 11.97
31 复旦大学附属儿科医院 11.29 0.62 11.91
32 首都医科大学附属北京安贞医院 9.73 1.75 11.48
33 首都医科大学宣武医院 8.16 3.04 11.20
34 中南大学湘雅二医院 7.84 3.09 10.93
35 上海交通大学医学院附属新华医院 7.84 2.91 10.75
36 山东大学齐鲁医院 4.39 5.80 10.19
37 中国医学科学院肿瘤医院 5.96 3.88 9.84
38 中国医科大学附属盛京医院 6.59 3.13 9.72
39 中山大学肿瘤防治中心 4.39 5.02 9.41
40 上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心 8.78 0.49 9.27
41 四川大学华西口腔医院 5.02 4.24 9.26
42 中山大学中山眼科中心 5.96 1.93 7.89
43 重庆医科大学附属儿童医院 7.22 0.58 7.80
44 第四军医大学口腔医院 3.76 3.76 7.52
45 中国医学科学院血液学研究所 5.96 1.55 7.51
46 北京大学口腔医院 5.96 1.54 7.50
47 首都医科大学附属北京朝阳医院 5.02 2.35 7.37
48 天津医科大学附属肿瘤医院 5.02 2.30 7.32
49 广州医学院第一附属医院 5.96 1.26 7.22
50 中国医学科学院整形外科医院 5.02 2.01 7.03

榜单说明：复旦大学医院管理研究所从2010年开始，将每年推出上一年度的《中国医院最佳专科声誉排行榜》和《中国最佳医院排行榜》评比。榜单以同行评议的方式，研究所从专家库中抽取27个临床专科的1824名国内著名专家，发信并进行电话联系邀请担任评审专家。该些专家们综合考虑学科建设、临床技术与医疗质量、科研水平等因素，提名本专业领域内排名第一到第五的医院。根据专家的排名，得出了该专科领域的各医院平均声誉分值，通过排序产生了平均声誉分值的前五位医院和获得提名的医院名单。在最佳专科声誉排行榜的基础上，根据每所医院获得的各专科声誉排名，得出该医院所有专科声誉得分。在科研学术得分部分，列入了2009年国家科技进步二等奖及以上的奖项、2009年SCI文章影响因子的分值。上述两部分分值，经标化后分别以80%和20%计入医院总得分，进而评出《2009年度中国最佳医院排行榜》。